Existuje několik různých teorií o tom:
První (a ten, u kterého mám podezření, že je pravděpodobně správný) je, že znamená „eXperimentální Standard “, s odkazem na skutečnost, že původní konstrukce motoru XS-1 byla prvním pokusem Yamahy o konstrukci čtyřdobého motoru, který by se stal základem pro všechny budoucí čtyřtaktní dvojčata. Tato konvence pojmenování měla v letectví určitý precedens a byla dokonce používána jinými výrobci motocyklů té doby, jako např Harley-Davidson's Factory Experimental (FX) série vyvinutá v době vydání Yamahy modelu XS-1.
Druhá teorie uvádí, že design byl z velké části vyroben z německého čtyřtaktního čtyřtaktního motoru o objemu 4 ccm od německého výrobce motocyklů s názvem Horex, a pro které Yamaha získala návrhy prostřednictvím krátké řady podnikových akvizic, a tak název odkazuje na to, že je (Hore)X Sstandard-1.
Třetí (nejméně pravděpodobná) teorie spočívá v tom, že čtyři body písmene „X“ odkazují na to, že jde oSzdvihový motor. To se zdá být trochu napínavé, když to velmi dobře mohli nazvat FS-1 nebo 4S-1.